Puis, l’entreprise adoptera le Lys Royal, comme emblème de la marque. Emile Pequignet s'est également inspiré des pays exotiques. On le voit dans les collections MOOREA (inspirée de l'île de Polynésie française), SAKKARA (la plus ancienne pyramide d'Egypte) et MASSAI (nom d'une tribu africaine). Lorsqu’il arrive à la retraite, il cherche un repreneur, qui, comme lui, cherchera à faire perdurer l’indépendance de l’entreprise. Pas si simple, surtout au beau milieu d’une période très compliqué pour l’horlogerie française.
Ce sera Didier Leibundgout, (atelier horlogerie Rectius Hora), qui en prendra les rênes en 2004. Pequignet produira, par la suite, son propre mouvement mécanique, le Calibre Royal. Mais de trop lourds investissements auront raison de la marque et elle passera entre différentes mains à partir de 2012. L’entreprise est finalement reprise par quatre employés de la maison mère, et c’est finalement en 2021 que la lumière arrive enfin, avec l’arrivée du milliardaire Hugues Souparis et son fonds familial Enowe Excellence.
Un modèle anniversaire
Depuis, l’entreprise a retrouvé des couleurs et elle sort même une édition spéciale pour son 50ème anniversaire, la montre Concorde, regroupant le savoir-faire de l’entreprise en matière de design et de mécanisme. L’ambition de Pequignet et de son PDG Hugues Souparis est de se positionner comme un fournisseur de mécaniques Made in France. Pequignet est, à ce jour, la dernière manufacture française de la Haute Horlogerie, et avec la ligne Concorde, elle porte haut l’excellence horlogère française.